是鮡科鱼类中分布海拔最高的种类，可以分布到海拔约4500米的水域。

黑斑原姚主要生活于石隙中，以昆虫卵或幼鱼为食。黑斑原鮡的染色体数目2n=48，同时还存在2n=42与2n=44两种核型。谢从新等通过研究采自雅鲁藏布江中游的黑斑原姚样本发现黑斑原姚除在腹腔内具有正常肝脏外，在皮肤与体壁肌肉之间分生出一个与腹腔内肝脏连接的同功组织—腹腔外肝。有学者认为，黑斑原姚的进化发展和青藏高原的几次隆升有关。

黑斑原姚产卵的时候，它需要水质清澈，流速在1.5米到2米每秒之间的水环境，产卵在夜间进行，需要一定幅度的水位上涨和强日照作为刺激因素，产卵水温需在11度以上。亲鱼产卵后，卵黏附于砾石缝中孵化发育。雄性最小性成熟(精巢Ⅳ期)个体体长141.7mm,体重45.2g,性体指数1.09%,雌性最小性成熟(卵巢Ⅳ期)个体体长146.8mm,体重66.7g性体指数11.52%,相应年龄均为5龄。初次性成熟年龄(L50):♂,170.1mm相应年龄为7龄;♀,150.2mm,相应年龄5龄。通过组织切片法和GSI的周年变化分析,繁殖时间集中在5—6月,每年繁殖一次,繁殖之后的6—8月卵巢从Ⅵ期回复到Ⅲ期,9月卵巢发育到Ⅳ期越冬。卵径频率分布显示,卵巢发育类型为分批同步型,卵巢中至少存在2批卵径,每年成熟一批卵并同时产出,产卵类型为完全同步产卵。卵黏性,成熟卵卵径在2.04—3.37mm之间,平均(2.83±0.16)mm。对19尾产卵前夕(体长为151.0—210.0mm)的标本进行统计,其绝对繁殖力范围在525—2058粒之间,平均为(1244±346)粒,相对繁殖力为(14.7±5.8)粒/g。绝对繁殖力与体长呈直线正相关,表达式为F=13.624L-1187。

近10年来，由于野外栖息地被破坏等多种原因，黑斑原鮡资源呈现出衰退趋势，野外种群数量持续减少，目前仅在海拔4200米以上的部分江段尚有分布，生物种群处于极危状态，已经被《中国生物多样性红色名录－脊椎动物卷》收录为极危物种，也是西藏自治区重点保护研究物种。作为高原冷水鱼，其生长缓慢，繁殖困难，一旦种群数量下降，恢复极难。

列入《中国国家重点保护野生动物名录》二级。

保护野生动物，杜绝野味。

维护生态平衡，人人有责！

黑斑原鮡体表光滑无鳞，体延长；背鳍自吻端向后逐渐隆起，腹面平坦；脂鳍后端不与尾鳍连合，界限分明；受够了鳍末端显著不达腹鳍起点；尾鳍近于平截；臀鳍短；前后鼻孔紧邻，间有瓣膜相隔，延长成鼻须；还有上颌须1对和下颌须2对，齿生上颌和下颌。黑斑原鮡除在腹腔内具有正常的肝脏外，在皮肤与体壁之间还具有1个特殊器官腹腔外肝。性成熟的雌雄个体有显著差异，雄鱼在臀鳍和肛门之间有尖长的生殖突，而雌鱼没有。脑颅骨骼由28块膜骨、软骨化骨以及复性骨组成，眼区系列骨骼退化，缺少围框骨系，仅有额骨、副蝶骨、翼蝶骨，同事，部分脑颅骨骼发生特化（如出现了颌须骨、基垫骨等），可能与其营底栖生活和视觉器官退化有关。

分布于中国西藏的雅鲁藏布江(进入印度称Indus River)和锡金，主要分布在雅鲁藏布江波密至日喀则江段的干流及支流中，是雅鲁藏布江7种鮡科鱼类中唯一分布到中、上游的种。
黑斑原鮡喜欢待在石隙处，也喜欢栖息于底质为沙质水流平缓的河段。