丽江绒鼠属于绒鼠属。种的地位不稳，争议很多。模式产地为云南丽江。一些科学家把它作为黑腹绒鼠（<Eothenomys melanogaster>）的同物异名，一些科学家把它作为大绒鼠（<Eothenomysmiletus>）的同物异名。分子系统学证实它是独立种。它和大绒鼠形态上容易混淆，但丽江绒鼠个体更大，尾相对更短。
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