秦岭鼢鼠属级和种级分类地位均存在争议。属级来看，一些学者将其作为鼢鼠属（<Myospalax>）的突枕亚属，一些人认为突枕亚属是独立属。种级分类方面，很多人将其作为中华鼢鼠（<Eospalax fontanierii>）的同物异名，一些人认为是独立种。最近的分子系统学证据显示其应该是突枕鼢鼠属的独立种。

该物种已被列入中国国家林业局2000年8月1日发布的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1—-低危（LC）。