针毛鼠属于鼠亚科（Murinae）。种级分类地位稳定。分布海拔跨度比社鼠窄，一般不超过1000m，栖息地植被类型也相对单一，主要分布于阔叶林，偶尔分布于农田。有些个体和北社鼠（<Niviventer confucianus>）在外形上分不开。其颜色都是黄棕色，针毛也较多，但腹面颜色仍然可以将它们分开。针毛鼠腹部纯白色，北社鼠多少带有硫磺色，尤其经福尔马林浸泡后，北社鼠腹部的硫磺色更明显。
针毛鼠以夜间活动为主，但白天无人时也经常外出活动。活动范围很广，性凶好斗，善攀喜跳，能在树上活动，跳枝穿隙觅食。
针毛鼠洞系结构较为复杂，洞道弯曲多分支，可分单口纵深洞、单口横洞、双口纵深洞、双口横洞和三口横洞等，洞道以纵深洞居多。洞口较为隐蔽。洞穴通常有巢室、厕所及盲洞。巢材多取自树叶、竹叶、树枝和杂草，洞口多朝向西南方。
针毛鼠杂食性，以植物为主，喜食野果、竹笋、桐果、茶果、栗子和榛子等，也经常潜入田问盗食稻谷、麦、花生以及浆果番茄等。当冬季食物缺乏时，也以野生植物根、叶和幼苗为食。
针毛鼠在条件适宜的环境下，一年四季均可生殖，以6-7月怀孕率最高。中秋以后，怀孕率逐日下降。每胎1-7仔，通常为4-6仔。
针毛鼠在中国安徽长江以南山地林区较常见鼠种。在山地林区其数量仅次于社鼠及中华姬鼠。如在黄山调查，共捕鼠243只，针毛鼠为23只占9.5%。在宁国山地共捕鼠103只，针毛鼠为13只，占12.6%。
列入《世界自然保护联盟》（IUCN） 2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。
