沟牙鼯鼠喜在高大乔木的树洞中做巢，巢穴营造于枯树洞内，洞口离地面5～10m不等，洞口较小约10cm，洞深50cm左右。巢内以桦树皮及羽毛等做窝。

沟牙鼯鼠具夜行性。以滑翔和攀爬结合交替活动。植食性，以各种嫩枝、芽叶、果实以及蘑菇等为食，也食少量昆虫。不冬眠。天敌主要是鼬类和猛禽类。其他沟牙鼯鼠生态资料所知甚少。

每年繁殖一次，每胎1～2仔。哺乳期为每年5月左右。

沟牙鼯鼠仅发现于不多的几个地方，数量已经很少，已处于濒危。现已列入中国《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》和《世界自然保护联盟》（IUCN） 2008年濒危物种红色名录。