小飞鼠无冬眠习性。夜行性，多于黄昏后活动，白昼也偶尔可见。日间受到惊动后，即慢慢爬至洞口，有的即窜出往下滑翔，着地后急速爬上就近的树干，最后紧贴身子隐没于树杈或枝叶密集处；有的则往往在其洞口探视片刻，视其周围的动静而窜出洞滑翔或留守洞内。常在树上攀爬，或在树枝间滑翔。滑翔时，尾平展，伸直四肢，撑开皮翼，向下飘动，远达50m。

小飞鼠筑洞及营巢的树种主要是山杨和桦树，占据营巢的乔木，由于其髓部被挖空，致使该树不久即枯死，而小飞鼠居住其中，日积月累，洞穴不断加深，但洞径始终不变，洞口大小恒定，仅有时会增加出入的洞口数。巢穴底部主要以苔藓类为巢材加以填充。小飞鼠驰洞口距地面的高度无规律性，低的2-3m，高的可至6-7m。

小飞鼠以松子、浆果、树枝的嫩芽为食，也食蘑菇，秋末常储存坚果等食物过冬。

小飞鼠4-6月繁殖，每年产1胎，每胎2-4仔。

小飞鼠的天敌有食肉类的豹、野猫、鼬类，以及鹰雕类猛禽。

在芬兰，小飞鼠非常普遍，但数量仍下降，详细研究表明在1980到2001年间，数量下降了20-58%，也没有数量稳定或增加的地区，并预计在未来继续下降。2002到2005年，芬兰雌性小飞鼠的数量估计在134800-151300只（95%可信度）。小飞鼠在俄罗斯和日本北海道极为普遍。该种总体种群数量呈下降趋势。