灰鼯鼠夜行性，晨昏活动频繁，栖息于海拔3000m左右的亚高山针叶林或针阔混交林中。滑翔能力较强，一般筑巢于高大乔木的树洞或离地面较高的岩石洞中，也常在栎树上搭窝，在云南西北德钦巢居于20m高的黄背栎上，由栎枝和松枝做成，内铺有苔藓、地衣、羽毛和干草等。巢呈圆球形，离地约15m，巢口向上，巢的外径为300mm，壁厚130mm，内径为170mm。筑巢材料为地衣类、苔藓和一种有纤维的小树皮。巢底以黄背栎和华山松树枝支撑。

灰鼯鼠独居或两鼠同居，昼伏夜出，日间隐蔽于巢穴中，夜间活动。若受惊吓，可滑翔至浓密的树丛中隐蔽。尤以晨昏活动最为频繁。冬季仍可活动，无冬眠习性。在甘肃冬季仍能发现，以植物的果实、种子、嫩枝叶、芽等为食，也吃昆虫。

每年春季为鼯鼠的繁殖季节，交配多在2~4月进行。灰鼯鼠的发情期一般为1~4天，此期间雌鼠和雄鼠的生殖器都呈红色，并向外翻出。交配前相互呼唤并追逐，稍后即开始交配，一般几小时内可连续交配多次。只有双方配合好才会受精，否则可能发生咬伤现象。

灰鼯鼠的孕期为70~90天，一般年产1胎，每胎产仔1~4 只，多数为2只。5~7月为灰鼯鼠的产仔期，临产前的雌鼠，乳房肿胀，尿频，产仔多在夜间进行。

刚出生的仔鼠娇弱无毛，眼睛没有睁开，嗜睡。一般在18日龄以后睁开眼睛，40日龄开始长毛。哺乳期30~40天，也有长达100~120天的。一般每只母鼠只能哺乳2只仔鼠。灰鼯鼠的母性很强，非常爱护仔鼠，不足3月龄的仔鼠均由母鼠带养。

灰鼯鼠冬毛皮厚而柔软，皮板加固可作饰皮，但产量小。其粪尿称“五灵脂”，宋《开宝本草》称五灵脂有活血祛瘀，调经止痛的作用。主治瘀血阻滞所造成的心腹疼痛、经痛、产后腹痛以及跌打损伤的伤痛等。据现代医学分析，五灵脂含维生素A类、树脂、尿素及尿酸等，在培养基中对结核杆菌及多种皮肤真菌有不同程度的抑制作用，动物实验证明还有缓解平滑肌痉挛的作用，临床上用来治疗冠心病引起的心绞痛有一定的疗效。