凤头潜鸭是一种迁徙性鸟类。每年3月末4月初从南方越冬地迁徙到华北和东北南部地区，4月中旬到达东北东部长白山和东北北部黑龙江省。秋季于9月末10月初开始南迁；10月末至11月初到达南方越冬地。迁徙时常集成大群。
性喜成群。常成群活动，特别是迁徙期间和越冬期间常集成上百只的大群。善游泳和潜水，可潜入水下2-3米深。游泳时尾向下垂于水面。常成群在碧波荡漾的湖中水而上随波逐流，很少在岸边浅水处或混浊的水面上活动。起飞时两翅急速拍打水而，在水上奔跑一段距离才能飞起，显得笨拙而不灵活，但飞起来以后，飞行却甚快而有力。
主要在白天觅食．晚上多栖息于湖心岛上或近岸的烂泥滩和沙洲上，也有的在离岸不远的水面漂浮睡觉。觅食方式主要通过潜水，有时也在沼泽或水边浅水处涉水取食，或将头扎入水中，尾朝上地在水中觅食。食物主要为虾、蟹、蛤、水生昆虫、小鱼、蝌蚪等动物性食物，有时也吃少量水生植物。
叫声：冬季常少声。飞行时发出沙哑、低沉的kur-r-r, kur-r-r叫声。
凤头潜鸭伴侣在冬末或初春时交配，没有既定规则。一些鸟类在迁移前即成双成对，有些则抵达繁殖场才寻求配偶。在所有情况下都是在嘈杂的簇绒游移的群体中进行，多在第一年冬天即已达性成熟，但多数雌鸟都在第2龄时才参与繁殖，对的结合通常在冬末开始，一直持续到第2年春天在迁徙路上，也有部分种群在到达繁殖地后才形成对。营巢于湖边或湖心岛上草丛中或灌木丛中，一般距水不远。巢掩藏很好．通常利用自然凹坑或挖掘一个凹坑，再垫以枯草茎和草叶即成，内垫有大量绒羽。繁殖期5-7月。每窝产卵6-13枚，一般8-10枚，卵的颜色为灰绿色或肮橄榄色，大小为53-66×38-77毫米，平均为59×71毫米，重52-61克，平均56克。雌鸟孵卵。孵化期23-25天。雏鸟雌性成性。雏鸟孵出后即能跟随亲鸟活动和觅食。在经过40-50多天的雏鸟期以后，即能飞翔。
