毛腿鼠耳蝠的分类可能有一些混乱。不同学者具有不同的分类观点，有学者提出该种与鬚鼠耳蝠（<Myotis mysticinus>）、大趾鼠耳蝠（<M. macrodactylus>）、长指鼠耳蝠（<M. capaccinii>或 <M. longipes>）有亲缘关系，但它被认为是中国的特有种，为有效种。在野外与长指鼠耳蝠（<M. longipes>）不易区分。虽然分布广，但是标本很少，按目前掌握的一些新标本，它的体型可能要更大一些，有些前臂长可达44mm。洞栖，集群，可与其他鼠耳蝠如华南水鼠耳蝠（<M. laniger>）混居。喜水面觅食。
毛腿鼠耳蝠常成小群或3-5只一起匿于石缝穴中，也有少数单只挂于洞壁，栖点一般高均2-3m。曾见与折翼蝠、鲁氏菊头蝠、皮氏菊头蝠、大蹄蝠等同居一洞，偶见与绒鼠耳蝠混居一处。有冬眠习性，11月下旬进入冬眠，翌年3月中下旬出眠。2月下旬当室温8.2-9.2℃时，其体温8.9-10.4℃。以飞虫为食，其肠道长度约为体长的3.66倍（3.46-3.88）。
毛腿鼠耳蝠6月上旬产仔，每胎产1只仔。初生仔重约2g，眼未睁开，但张口要吃，生命力也较强，幼仔成长较快，6月中旬有的幼仔体重已达5g。
毛腿鼠耳蝠已列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。
