长指鼠耳蝠曾被归入<Myotis capaccinii>，作为其中的一个亚种；但是 Ellerman等（1951）将其独立为种，Hanák等（1969）、Corbet（1978）和 Bates（1997）等学者也相继承认此观点。<M. capaccinii>主要分布于地中海一带、欧洲群岛、非洲西北部，及伊拉克、伊朗、乌兹别克斯坦等（Simmons,2005），与长指鼠耳蝠分布区几乎没有重叠。汪松等（2001）最早将 <M. longipes>翻译为“长足鼠耳蝠”，而将 <M. capaccinii>翻译为“长指鼠耳蝠”，但是，潘清华等（2007）、Smith等（2009）均将 <M.longipes>翻译为“长指鼠耳蝠”。从英文名看，前者为 Kashmir Cave Myotis，后者为 Long-fingered Myotis，即 <M. capaccinii>翻译为“长指鼠耳蝠”更为贴切。但本文仍遵循潘清华等（2007）、Smith等（2008）观点，<M. longipes>的中文名仍使用“长指鼠耳蝠”。
该种集大种群（2000-5000只）栖息在山洞中，生活在海拔1300-1754m地区，雌性孕期及哺乳期聚集在一起，每年6月是幼仔出生和哺乳季节（Topal,1974）。广东南岭的标本采自一发电厂所修的水利洞，该洞长约2km，洞高约2m，常年有水，洞内还发现中华菊头蝠和小菊头蝠，周围植被较好。
