华南菊头蝠数量较为稀少，为洞穴型蝙蝠。可见与中华菊头蝠（<Rhinolophus sinicus>）、小蹄蝠（<Hipposideros pomona>）、大耳菊头蝠（<R. macrotis>）等同栖一个洞穴。在发表新种前，通常被鉴定为大耳菊头蝠（在国内包含了多个亚种），可以根据其鼻叶形态和前臂长进行区别，华南菊头蝠体型偏小。还有学者认为，本种与分布于泰国的清迈菊头蝠（<Rhinolophus siamensis>）为同物异名（Zhang et al.,2009），但后者体型更小。随着调查的深入，华南菊头蝠的分布区可能会进一步扩大。