中菊头蝠为常见的洞穴型蝙蝠种类。栖息在潮湿的山洞和废弃矿井、坑道等地，可与大蹄蝠（<Hipposideros armiger>）、小菊头蝠（<Rhinolophus pusillus>）、皮氏菊头蝠（<R. pearsonii>）、中华鼠耳蝠（<Myotis chinensis>）等同穴共栖。以蚊类、蛾类等昆虫为食。对人类有益。

中菊头蝠常单只或成群的倒挂于岩洞侧壁上，栖息高度约2-3米，同洞栖居的曾见有鲁氏菊头蝠、角菊头蝠、蹄蝠、毛腿鼠耳蝠和折翼蝠等。冬眠时受干扰不惊飞，胃内无食，肠内宿粪也很少。4月份陆续出眠。白天在洞内休息，约19:30出洞取食，捕食蚊类、蛾类等昆虫，肠长约为体长的2.68倍（2.2-3.1），一般23:00以前多数已返回洞内。

中菊头蝠繁殖时间在春夏季，胚胎孕育于子宫右侧角，每胎产1仔，部分雌性第二年性成熟。

中菊头蝠是一个具有高度适应性的物种，广泛存在于南亚、中国和东南亚，没有这个物种所面临的主要威胁，种群分布不零散，发展趋势稳定。

中菊头蝠已列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。