大菊头蝠栖息于岩洞中，常与其他种菊头蝠和蹄蝠共处一洞，但总是单只独挂在洞顶壁上，而且大多数离洞口不太远的较亮处。在江西遂川捕获的1只，其悬挂处仅距地面不足3m高。据在浙江杭州千人洞1980-1986年观察记录，若不受惊扰，很少迁洞。在海南五指山的标本来自原始林缘的茅草坡上空，当时它们正在两三只结群飞翔觅食，不时在树枝上倒吊者停歇。在安徽1月采到的雄体阴囊较大，睾丸5×3.5mm。黄昏时分飞出捕食昆虫。台湾菊头蝠（<Rhinolophus formosae>）原被认为是本种的一个亚种，现独立成种，为台湾岛特有种。

各地的数量均很少。种群非常小，占有面积有限，容易受人类活动的影响。捕食昆虫，但分布区小，数量不多，因此意义不大。

蝙蝠的栖息地（如洞穴、皮弃矿洞等）易受干扰。一些山洞被开发为旅游点。农民为了收集蝙蝠粪和吃蝙蝠肉，在洞内烟熏或网捕，致使它们不是离洞而去就是被捕杀。此外，杀虫剂的应用也影响到它们的生存。化肥农药的使用威胁蝙蝠种群数量。通过富集作用，蝙蝠体内累积化学农药等有害化学成分，导致蝙蝠繁殖低、生存能力受到影响。

已列入《中国脊椎动物红色名录》，评估级别：近危NT。

为体型最大的一种菊头蝠。前臂长66-73mm。鼻叶复杂，马蹄叶发达，覆盖鼻吻部，两侧无附小叶。鼻孔内无外缘突起，并衍生成杯状鼻间叶；鞍状叶基部向两侧扩展成翼状，使鞍状叶成三叶形；联接叶先端圆弧形，远低于鞍状叶顶端，与鞍状叶之间无凹缺；顶叶高耸，狭长呈舌状。体毛长而密，略显卷曲。背毛棕褐或灰褐色，毛尖隐约有灰白色，腹毛颜色稍淡。

国内分布于安徽、福建、广东、广西、贵州、江西、浙江、湖南、四川、海南、云南等省区。国外分布于印度、尼泊尔、越南和印度尼西亚等南亚和东南亚地区。

大菊头蝠栖息于岩洞或石洞或废弃房屋。可与其他种蝙蝠同处一洞，但多单独悬挂洞顶，且一般是在离洞口不太远的较亮处。