马铁菊头蝠群栖性，栖息山洞内同时分布有鼠耳蝠、东方蝙蝠等种类。昼伏夜出，白天在石缝或墙缝间睡眠，多单独悬挂于石壁上，悬挂时以两肢并齐倒悬抓于石壁，前肢包裹全身，当外来声息及光亮照射时，有的呈深度麻痹状态，有的个体则受惊飞逃，飞逃时先将头部伸出，频频左右摆动，耳部不断颤动，鼻尖不断嗅闻，到一定时间（约3分钟），随即起飞。

马铁菊头蝠11月冬眠，冬眠时单只栖息在10m左右深有滴水较潮湿处的山洞内，多呈倒悬垂姿式，以爪钩住岩壁裂纹或缝隙，左、右前臂骨在背面靠近几呈平行，翼膜向腹面包被整个身体和头的大部，尾膜向后下翻；由于前臂骨上的肌肉冻得发红，与棕色的背及黑褐色翼相间而似一倒悬之花苞。翌年4月出蛰。

马铁菊头蝠黄昏出来捕食，以鞘翅目及鳞翅目昆虫为主。

马铁菊头蝠6月上、中旬产子，每胎1子。刚出生的小蝙蝠紧咬住母体胸部的乳头，以背部靠近母体腹部，两足倒挂起来，或匍匐在母体腹下。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。