马氏菊头蝠体型较小，为洞穴型蝙蝠，曾见与中华菊头蝠（<Rhinolophus sinicus>）、小菊头蝠（<R. pusillus>）、小蹄蝠（<Hipposideros pomona>）等栖息在同一洞穴。为食虫蝙蝠，有冬眠习性。马氏菊头蝠属于 <philippinesis>-<group>，容易与大耳菊头蝠混淆，因其特殊的杯状叶形态（鞍状叶舌状，基部向两侧扩展构成蝶形翼状突），可与同组的大耳菊头蝠和贵州菊头蝠（<R. rex>）等相区别。

马氏菊头蝠已知分布于缅甸、泰国、越南和马来西亚北部”J。在广西的发现，是马氏菊头蝠的最北端分布。