棕果蝠是典型的热带蝙蝠，不冬眠，虽常与其他蝙蝠共栖一洞，但从不相混杂，而且凡有果蝠栖居的洞穴，种群中皆以果蝠占优势，颇似有种间排挤现象。夏秋炎热季节，在洞穴栖居者数量减少，集小群而散居洞外，而冬春季节多在洞穴内大量聚集。

白天群栖于石灰岩山洞或废弃房屋，夜晚外出觅食。多以野生浆果等为食，但在水果收获季节，也吃食一些龙眼、芒果、荔枝等，对果树生产造成一定危害。大便不成形，象黄色鸡屎，粘性大，稍臭。棕果蝠在广东、广西、海南、福建等省区均有为害，傍晚飞进附近果园中在将近成熟的果树上为害，使果实损失惨重。棕果蝠的天敌主要是猫头鹰和蛇类。。随着洞穴的开发利用，该种蝙蝠的种群数量呈现减少的趋势。

棕果蝠的繁殖季节主要是在夏季，只见夏秋季的个体有孕仔。一般4、5月份的孕仔有指头大小；7、8月份的孕仔已发育完全，将近或已经娩出；10月间果蝠的幼仔尚正在哺乳中。雌性果蝠每胎产1仔。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。