1928年-1929年间，中山大学生物系考察队前往中国广西大瑶山，在今广西金秀县罗香乡琼武村采得28条似蜥蜴，尾巴却像鳄鱼的爬行动物。其中2号送给德国柏林动物博物馆，1930年由德国人Ernst Ahl发表为新科、新属、新种，拉丁学名是“Shinisaurus crocodilurus Ahl，1930”。属名由Shin和saurus两字组成，Shin是当时野外工作领队教授辛树帜( S.S.Sin )的姓氏，saurus是蜥蜴，表示对辛树帜教授崇敬之意。种名crocodilurus以此种蜥蜴外貌颇像鳄鱼而名。由于生活在中国的鳄蜥发现于瑶山，故以后多以"瑶山鳄蜥"相称。
鳄蜥天生不爱活动，当地人喜欢称之为“大睡蛇”，它们可以一个月不吃不喝而不影响生存。
1978年对该物种进行了第一次定量调查（Zeng和Zhang 2004），估计已知种群总数为6,000只。2008年，估计中国总共有950只动物，其中包括两个在1978年未进行调查的地点。估计最大的亚群不超过350只，最小的只有10只。由于该物种的分布范围不同，它依赖特定且分布不均的水生栖息地，因此可能扩散能力有限，而且由于估计最大的中国亚种群约占该国总量的36%，因此全球数量为被认为是严重碎片化的。该物种不太可能在已经失去它的地区重新定居，或者亚种群规模过小可能会导致近期灭绝。栖息地丧失和直接狩猎都存在持续的压力，因此据信物种数量下降仍在持续。
第三，鳄蜥的生境受到严重破坏，20世纪50年代末以来，由于开荒造林，开垦农田以及开山采矿等人类活动，山林在不同程度上受到砍伐或焚烧，有些地方的山林，几乎都被砍光烧净，造成山溪断流，使鳄蜥失去了生存之地。第四，乱捕滥杀现象十分严重，有人进山大量捕捉外运倒卖，还有人成立收购站，将鳄蜥成箱外运，每次约几百只。瑶山鳄蜥的野外总数仅有2500条左右，其中金秀的罗香乡有500条，昭平的北陀乡和九龙乡有1500条，贺县的里松乡有500条。如不及时采取得力措施，则这一世界珍稀动物会有迅速灭绝的危险。
自然保护区：广西大瑶山、广东罗坑、广东林州顶。在我国广西大桂山鳄蜥国家级自然保护区中，超过500只鳄蜥生活在这里，这些鳄蜥都是远古时期世代繁衍下来的“活化石”，它们的祖先最早诞生于2亿年之前，在科学家们的眼中，鳄蜥血统古老有着极高的研究价值，它们又被称作爬行界的“大熊猫”。
列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN)2014年 ver3.1——濒危(EN)。
列入《濒危野生动植物种国际贸易公约附录Ⅰ、附录Ⅱ和附录Ⅲ》(CITES)2019年版附录Ⅱ。
列入中国《国家重点保护野生动物名录》（2021年2月1日）一级。
保护野生动物，杜绝野味。
维护生态平衡，人人有责！
