灰颈鼠兔属于 <Conothoa>亚属。该种分类较混乱，曾经把高黎贡山的红棕色灰颈鼠兔作为一个新种— —高黎贡鼠兔（<Ochotona gaoligongensis>），分子生物学研究结果显示它就是灰颈鼠兔。高黎贡山南段的灰颈鼠兔曾经被命名为另外一个亚种（<O. forresti osgoodi>），其全身黑色的个体曾经被命名为一个新种——黑鼠兔（<Ochotona nigritia>）。分子生物学研究结果显示，这种黑鼠兔属于灰颈鼠兔。同时，一些科学家认为，鼠兔颜色变异很普遍。

该物种列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1—-易危（VU）。

灰颈鼠兔在不同区域有不同的颜色。在模式产地的云南丽江和西藏察隅等地的灰颈鼠兔，身体背面以灰黑色为主，颈部有一个明显的灰白色项圈，腹部毛色灰白。在高黎贡山北段的灰颈鼠兔，体背红棕色，颈部有一个黄白色的项圈。在高黎贡山南部的灰颈鼠兔，以淡红棕色为主，也有一个黄白色的项圈，但有些个体身体全部为黑色，只是颈部略淡。头骨和藏鼠兔差不多，没有卵圆孔。

国内分布于云南和西藏。国外分布于缅甸、印度和不丹。

一般栖息于山地森林。该物种的模式产地在云南丽江西北。