台湾田鼠分类地位稳定，但属级分类单元曾经有争议。很多科学家把该种放在田鼠属，也有一些科学家曾经把它放入川西田鼠属（<Volemys>）。分子系统学研究证实该分类单元属于东方田鼠属。列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录名录 ver 3.1——近危（NT）。
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