西南绒鼠属于绒鼠属东方绒鼠亚属（<Anteliomys>），种级地位稳定。种下现有4个亚种，均分布于云南。指名亚种<E. c. custos>（Thomas, 1912），模式产地为云南德钦；丽江亚种<E. c. rubelius>（Allen, 1924），模式产地为云南丽江玉龙雪山；苍山亚种<E. c. cangshanensis> Wang et Li, 2000，模式产地为云南大理苍山；宁蒗亚种<E. c. ninglangensis, Wang et> Li, 2000，模式产地为云南宁蒗。

个体中等。体长平均99mm（79-110mm）；尾长平均37.4mm（33-50mm）；后足长平均17mm（15-19mm）；耳高平均12.7mm（11-14mm）。尾长为体长的38%左右，短于体长之半。颜色和其他绒鼠类区别不大，体背毛基黑灰色，毛尖灰褐色至淡黄褐色。腹毛较暗，灰色。背腹毛色没有明显界限。头骨上，腭骨后缘截然中断，为一横骨板，不与翼骨相连，不形成纵脊，没有翼骨窝，这是绒鼠类和䶄类的共同特点。第1下臼齿呈横的汇合，左右三角形齿环相互连通。第1上臼齿内侧和外侧均有3个角突，区别于指名亚属（）的内侧4个，外侧3个。第3上臼齿复杂，内侧4-5个角突，外侧3-4个角突。

为中国特有种。仅分布于云南丽江。多生活於高山森林。