小眼姬鼠属于鼠亚科（Murinae）。主要栖于较潮湿的森林和森林草原中，并沿着河谷和灌丛而进入草原和荒漠草原。在新疆北部地区多栖息以杨、柳为主的阔叶林和以云杉、冷杉为主的针叶林、灌丛以及农田中的小麦、胡麻等作物地，以及杂草丛生的水渠埂、潜水溢出带等生境，不见于荒漠地区。以前，该种一直被认为是小林姬鼠（<Apodemus sylvaticus>），但生化及形态学研究结果，以及分子系统学及形态学研究结果均认为，小林姬鼠仅分布于欧洲西部，分布于我国新疆和邻近地区的为1811年命名的，模式标本位于俄罗斯乌拉尔山南部的小眼姬鼠（<Apodemus uralensis>）。

体型较小，成体体长通常小于100mm（平均85mm），仅个别个体达到105mm。尾长短于体长。个别个体接近或超过体长，后足长17-21mm。颜色浅淡，被毛沙黄色至淡红棕色；背腹毛色分界明显，腹部毛基灰色，毛尖几乎白色。整个色调偏浅，红色色调显著。尾上下两色，背面似体背色，腹面灰白色。四肢内外侧与腹部毛色略同。毛色的年龄变异很明显，老年个体毛色浅，土黄色调甚浓，而幼体毛色偏灰。第3上臼齿舌侧有3个明显的齿突，几乎没有眶上嵴。乳头3对，胸部1对，鼠蹊部2对。

国内仅分布于新疆。国外分布于俄罗斯向西到欧洲中部。