三趾心颅跳鼠属于心颅跳鼠亚科（Cardiocraniinae）。该种虽然分布较广，但数量稀少。在全国标本都很少。分类上没有争议，有2个亚种。生态上信息非常少，研究很薄弱。

三趾心颅跳鼠为亚洲中荒漠地带特有种类，分布范围较窄，栖息于覆盖度极低的红柳，盐爪爪流动与半流动沙丘及大风通道而有流沙的地方或戈壁、沙丘，数量较多。洞道短直，结构简单。1982年在敦煌鸣沙山，偶见一洞，长约30-40厘米，洞口径3-4厘米。四月底开始繁殖，五月发现孕鼠，每胎3-4仔。黄昏及夜间活动，冬眠。以植物茎叶及种子为食。也猎食鞘翅目昆虫。天敌为鼬类。由于各个种的种群数量比较稀少，野外捕获相对比较困难 。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1——易危（VU）。

列入《华盛顿公约》（CITES ）附录Ⅰ。

列入中国国家林业局2000年8月1日发布的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。