毛耳飞鼠是一种热带型的小鼯鼠，一般成对夜间活动，无冬眠习性黄昏即出洞寻食。主食多种植物的嫩枝、树叶、花芽和果食，如榕树果、芒果等。

毛耳飞鼠多以树洞为穴，巢的结构颇精致，分为三层，外层及巢底用枯树枝编成，中层是用一种浅白色干枯枝的长纤维织就，内层是头发状的纤维絮系牢，不易折散，巢直径约20厘米，椭圆，巢顶部尚有遮掩体。

繁殖期为4～8月，每年一胎，每胎2～4仔。

个体小，数量也不多。因其生物学资料不全，具体数量不详，但总体数量呈下降趋势。

毛耳飞鼠是濒危物种，列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录。