眼斑水龟为水栖性，主要栖息于海拔400 米以下的丘陵地区中水流缓慢清澈、水底多为砂石的溪流中。性胆小，遇惊扰将头、尾、四肢缩入壳内或无目的地四处乱窜。喜晒太阳，适宜水温24-26℃，水质pH中性至略酸性，8-10℃活动减少，随水温降低逐渐进入冬眠。通常在山溪边或沟渠边的洞穴中冬眠。杂食性，主食小鱼虾、螺蚌、蜗牛及蠕虫等。人工饲养条件下取食猪肉、蛙、 鱼、虾、米饭、水果等。

亲龟一般4月底进行交配，5-8月份为产卵期，每年产卵分3-4批，每批产3-6枚。产卵前雌龟爬到岸上，用后肢在松软处交替掘成穴，把卵产在穴内，再扒土覆盖其卵，用腹甲将土压平，上面留1个小孔，然后离去。根据这种习性，在龟池和围墙下设长40-50厘米、宽20-30厘米的沙盘，内铺4-6厘米的细沙，盖少许阔叶植物，让其在沙盘内产卵。收集好卵，置于深8-10厘米、宽40-50厘米、长60-70厘米的孵化盘内，盖2-3厘米细沙，保持沙温25-30℃，每天洒水2次，以保持其混度。一般情况下75天即可孵出幼龟来。

由于其栖息繁殖环境破坏、减少，自然增殖困难，且有较高的经济价值，而屡遭捕捉，野生资源遭到严重破坏，处于濒危状态。

列入《中国国家重点保护野生动物名录》二级。（仅限野外种群）