高山姬鼠属于鼠亚科（Murinae）。该种的分类地位也有一定争议，以前，一些科学家将其作为黑线姬鼠（<Apodemus agrarius>）的亚种。同物异名也有几个。高山姬鼠是姬鼠属中个体最大者。分布海拔较低，一般不超过1500m，在云南，分布海拔可达2500m左右。在低海拔的灌丛中种群数量很大，农田、次生草丛也有分布。

高山姬鼠的洞穴结构比黑线姬鼠的的复杂些，除天然石穴外，一般是在土埂的中下部掘土造穴，个别在田中央筑穴。洞穴主要由巢室、明洞、暗洞和洞道组成。巢室是高山姬鼠生育和休息的场所，常位于土埂的中上部，一般为3个，常排列在一条直线上，除个别外，只有一个巢室里边筑有巢，多数是筑在中间的一个巢室里，个别是筑在左边或右边的巢室。

高山姬鼠在农作区主要取食粮食作物，特别喜食稻谷、玉米、花生、红薯、荞麦、南瓜等。非农作区则以草籽、树种子及果实为食。高山姬鼠占着有利的自然环境，食物终年不缺。喜食种子食物，很少取食植物绿色部分。

高山姬鼠繁殖期为5-11月，每胎产仔3-6只，而在中国四川，该种四季可繁殖，盛期为3-5月。

杨再学等（2000）研究指出处在不同年龄组的高山姬鼠繁殖力存在显著差异，以老年组最高，亚成年组最低，繁殖指数随种群年龄的增长而增大，由此可知，随着种群年龄的增长，雌鼠繁殖力不断增加，高山姬鼠的繁殖群体主要是成年组和老年组。

在中国贵州，高山姬鼠各年度间的种群年龄结构基本稳定，均以成年组个体占绝对优势，占总鼠数的26.67%~37.98%，平均32.02%，其次是亚成年组、幼年组，老年组个体最少。由此可看出，高山姬鼠种群年龄结构呈典型的“金字塔”型。在该地区其是一个比较稳定增长的种群。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN） 2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危（LC）。