该螈生活于海拔120-850m的山区流溪中，水流较缓。白天成螈多隐蔽在溪内深潭石下，常游到水面呼吸空气，暴雨过后经常上岸，行动缓慢；夜间外出活动，捕食螺类、昆虫、蚯蚓、蝌蚪、虾、卵和鱼等小动物，主要食物为螺类，雌雄繁殖季节的取食具有较大差异，雌性成体常吃同类的卵。7月到次年的3月，该螈主要生活于小溪中，易于发现。

香港瘰螈遇到危险时会装死。用手一触及其头部，马上翻转身体，红色的腹部朝向上、尾巴缠住头部，全身僵硬并发出刺激性的臭味。过一会儿，它先是缓缓地动一下头，用眼睛打量周围，看到没有危险时，马上翻身爬向水中，匆匆逃跑。

该螈繁殖季节较长，但每个个体的平均繁殖时间约为40-60天。雌螈产卵约120粒，多黏附在水生植物茎叶上；受精卵至孵化约需21-42天，幼体约两个月可完成变态，3年可达性成熟。

香港瘰螈面临污染和生境退化问题，亦可能面对捕捉作宠物贸易的威胁。淡水的生态环境，正受到人类不同程度的污染，生态环境的破坏和污染对香港瘰螈也构成威胁。