云石斑鸭常成小群活动。非繁殖期在一些重要水域中也常集成大群。多在清晨和黄昏活动。白天大部分时间多飘浮在挺水植物丛中或栖息在部分浸在水中的树枝干上。飞行快、直而低。

云石斑鸭主要在浅水处一边游泳一边觅食。也涉水觅食。有时也通过潜水或头扎入水中取食。食物主要为植物和小型无脊椎动物。

繁殖期5-7月。繁殖对在冬季即已形成。常成小群在一起营巢繁殖。巢彼此挨得很近。在种群密度低的地方。巢间距离也较大些。通常营巢于水边地上植物丛中。巢由枯草筑成，内放少量干草和绒羽。每窝产卵在人工饲养条件下多为10-11枚。在野外为7-13枚。卵的颜色为淡黄色、乳白色或褐色。卵的大小为42.5-51×31.5-36毫米，平均为46×32毫米，重31克。雌鸟单独承担孵卵任务。孵化期大约25-27天。

列入《中国国家重点保护野生动物名录》二级。