常见于芦苇丛生和遮盖条件较好的开阔水面，越冬期间活动于开阔的湖泊、水库中。常结成10-30只的小群或与凤头潜鸭、琵嘴鸭等混群活动。常成群活动，特别是迁徙季节和冬季常集成大群。有时也和其他鸭类混群。白天多在开阔的水面活动和游泳，或一动不动的飘浮于水面上睡觉，有时也成群在岸边休息。性胆怯而机警。善于潜水。常通过潜水取食或逃离敌人。危急时也能从水面直接起飞。飞行迅速，但在地上行走较困难。

主要在深水地方通过潜水觅食，也常在岸边浅水处像其他鸭类一样，头朝下尾朝上扎入水中取食。食物主要为水藻、水生植物叶、茎、根和种子。有时也到岸上觅食青草和草籽。春夏季也觅食软体动物、甲壳类、水生昆虫、小鱼和虾等动物性食物。觅食多在富有水生植物或隐蔽条件较好的水面。常在黄昏和清晨觅食。中午多飘浮在开阔的水面休息或睡觉。

红头潜鸭春季于3月中下旬开始往北方迁徙，4月初至4月中旬到达东北，秋季于10月初开始南迁，10月末至11月初到达南方越冬地。少数留在东北越冬。

繁殖期4-6月。通常在越冬期间即已成对．但也有迟至在春季迁徙路上或到达繁殖地后才结成对的。营巢于水边芦苇丛或三棱草丛中地上，也有营巢于芦苇丛中飘浮的物体上的。每窝产卵6-9枚，一般8枚。刚产出的卵为淡蓝绿色，后变为污橄榄色。卵的大小为50-64×40-49毫米，平均58.2×47.0毫米，重59-69克，平均65克。雌鸟孵卵。孵化期24-26天。雄鸟在雌鸟开始孵卵后即离开雌鸟。雌鸟独自孵卵和育雏。雏鸟晚成性。