云南菊头蝠为1872年Dobson依据采集于中国云南（China, Yunnan, Hotha，海拔1371.6m）2雄和1雌标本发表的新种，稍后即被他本人合并到皮氏菊头蝠<R. pearsonii>。Andersen（1905）根据该种和<pearsonii>的描述及图表比较，发现它们应该属于2个独立的种类。Corbet & Hill（1992）也认为应恢复为一个独立的种，即云南菊头蝠<R. yunanensis>。国内学者Wu et al.（2009）依据中国四川峨眉山标本及核型（2n=46，而<pearsonii>核型2n=44）认为该种成立。

云南菊头蝠为我国特有种，仅分布云南西部。

已列入中国生物多样性红色名录——脊椎动物卷，评估级别：易危VU。

与皮氏菊头蝠极为相似，但本种的体型较大。前臂长53-60mm，胫骨长25-31mm；马蹄叶宽9mm；耳长19-27mm。鞍状叶基部略为扩展，连接叶上部起自鞍状叶的顶端，呈弧形下降。马蹄叶较宽，尾短于胫长。体毛长而密，棕褐色。颧宽略大于后头宽。

国内分布于云南（模式产地：Yunnan, Hotha）和四川（峨眉山、美姑）等。国外报道分布于缅甸、泰国和印度东北部。

栖于海拔1500m以下的南亚热带山间盆地和台地，成小群栖于石洞中。