小黄蝠从海平面至海拔1100m均有分布，是一种适应能力极强的蝙蝠种类。已知在寺庙、洞穴、中空的树、棕榈叶、建筑物的屋顶、墙壁、废弃建筑和树洞中均可聚集成数十只到几百只种群。夜行性，在黄昏很早就飞出觅食，以昆虫为食。飞行较低，冬季来临前有迁飞到越冬地的习性。

小黄蝠也会栖息于棕榈科叶丛中，亦会利用桥墩下之燕巢作为栖息处所。每年六月左右可发现幼蝠产生，为其生殖期。

王应祥（2003）将海南与台湾的岛屿种群定为 <Scotophilus kuhlii consobrinus>亚种，然而谱系地理学研究显示：海南种群与广东地区的种群似乎为一个混杂的种群，不支持海南种群为一有效的亚种，故 Yu et al.（2012）建议将云南以外的小黄蝠均划分至华南亚种 <S. k. consobrinus>亚种。该种曾使用过 <S. temmincki>的学名。