三崎柱头虫（学名：Balanoglossus misakiensis）一种分布于日本和中国沿海地区的肠鳃类动物，但数量甚少，我国黄海到南海的沿岸均有分布。隶属于殖翼柱头虫科柱头虫属。

三崎柱头虫有较强的再生能力，具有吻、领及鳃区的前段虫体能够再生后部器官恢复完整个体。三崎柱头虫主要生活于沿海中潮区和低潮区的细沙滩和泥沙滩中。

柱头虫在中国的分布比世界上任何一个国家都多。由于它是沿岸潮间带种类,易受人类生产、排污、旅游的影响, 而受到破坏。如表岛胶州湾的沧口、女姑口、黄岛等地滩涂历来柱头虫较多,现因受到污染，近几年很难寻其踪迹。