巽他臭獾经常在夜间活动，它们有时会自己挖简陋的洞，这些洞常常不超过60CM深。它有时也会占据豪猪的洞。巽他臭獾的已知天敌有爪哇鹰雕，它还与老虎共享领地，这些掠食者都是潜在的天敌。

巽他臭獾的主食是无脊椎动物，如：蚯蚓，蠕虫 ，昆虫等，它与其它獾类一样，有长长的爪子助于其挖掘土壤。

巽他臭獾约在1—2岁性成熟，每年只繁殖1次，一般在8月初至9月底开始交配。公、母性交后，其胚泡滞育期较长，受精卵2—3个月内不着床，在子宫内处于游离状态，受精卵着床后即开始发育。一般到第二年的4—5月份产仔。巽他臭獾妊娠期230天左右，每胎产仔3—4只。幼獾35日龄左右睁开眼睛。经过5—6个月的生长发育，秋末冬初时幼巽他臭獾基本长大。

据了解，巽他臭獾虽然不是濒危物种，但巽他臭獾分布不规则，迄今一直没有研究清楚其中的原因。

首届婆罗洲食肉动物研讨会（Borneo Carnivore Symposium）定于2011年6月在马来西亚召开，届时会议将重点制定保护巽他臭獾和其他在此次研究中发现的哺乳动物的计划。