小白腰雨燕成群栖息和活动。有时亦与家燕混群飞翔于空中。飞翔快速，常在快速振翅飞行一阵之后又伴随着一阵滑翔，二者常交替进行。在傍晚至午夜和清晨会发出比较尖的鸣叫声。其活动范围较广，从村镇附近以至高山密林都见该鸟活动。雨后多见集群飞于溶洞地区上空穿梭飞翔，有时绕圈子动作整齐。配偶期间，雌雄彼此追逐。鸣声特别嘹亮，发出“咝-咝-咝”的叫声。捕捉蚊等膜翅目昆虫为食。

繁殖期在3-5月。雌雄共同营巢，巢筑于峭壁、洞穴或建筑物的房屋墙壁、天花板上，用植物细纤维、禾草、羽毛、木棉花絮、芦苇花絮和泥土为材料，加亲鸟口涎或湿泥混合筑成。巢体球状或椭圆状，柔软而发亮，稍带黏性。常成对或成小群在一起营巢繁殖。巢的形状有碟状、杯状、球状等类型，视营巢环境而变化。巢外径12-20厘米，内径7-10厘米。巢极柔软、光滑、特别是巢口。巢内常垫有细草茎和羽毛。每窝产卵2-4枚。卵的大小为21-26×14-16毫米，平均22.7×15.0毫米。雌雄轮流孵卵。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN)2016年ver3.1——无危(LC)。