巴布亚企鹅在陆地走路步履蹒跚一摇一摆，它的长尾巴在身后就像扫地一样左右摆动，因此学名为“Pygoscelis ”，意思是“扫帚似得尾巴”。
巴布亚企鹅是阿德利企鹅属（Pygoscelis）的三个成员之一。线粒体和细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，王企鹅属（Aptenodytes）在约4,000万年前与其他企鹅族群分支之后的200万年，阿德利企鹅属亦开始与其他企鹅出现分支。这以后，直到约距今1,900万年，阿德利企鹅亦分裂出来，而帽带企鹅和巴布亚企鹅则在1,400万年前才分裂出来。
巴布亚企鹅在陆地上视力较差，但当它们在水下的时候视网膜非常敏感，能清楚地分辨绿色、蓝色和紫色。
巴布亚企鹅生活在寒冷的南极，没有淡水可补充，而且它们的食物含盐量较高，为了保持体内电解质的平衡，巴布亚企鹅同其它海鸟一样，它们眼窝上方都有盐腺，从嘴喙上部的鼻孔将多余的盐分以粘液的形式排出。
如果食物不充足，通常第二只孵出来小企鹅会被饿死。幼鸟前后换羽两次（这在鸟类中独一无二）。
在水中，海狮、海豹和杀人鲸均是巴布亚企鹅的天敌。在陆上，成年的巴布亚企鹅并不会受到威胁，但鸟类却会偷它们的蛋和幼企鹅，例如贼鸥。巴布亚企鹅大约有63万只。该物种被列入近危，因为有些种群虽然明显增加，但一些重点群体迅速下降导致全球种群数量的迅速下滑。
另外，企鹅蛋的采集、福克兰群岛的石油开采日益增多、海上运输会影响企鹅的觅食，游客的观光干扰企鹅繁殖，这些因素都对它们的生存造成威胁，降低了巴布亚企鹅的繁殖率。
列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2012年濒危物种红色名录ver3.1——近危（NT）。
列入《世界自然保护联盟》（IUCN）近危物种红色名录——无危（LC）。
保护野生动物，杜绝野味。
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