中华秋沙鸭是中国苏州地区的冬客，深秋时自北方南迁到太湖流域的苇塘里来避寒越冬，通常中华秋沙鸭都是以家族方式活动，只在迁徙前才集成大的群体。它们与各种野鸭汇成数以万计的大群，漂浮游荡在湖面上，嬉耍和捕食游鱼，气势宏伟，蔚为壮观，就像是一个规模宏大而喧嚣热闹的鸭类集市。它们目光敏锐，警惕性高，稍感异情就迅即游向湖岸隐身躲藏起来；夜间露宿在苇丛中或岸边的树上，把头转向后方插入翅膀下，神情悠然而自得。

春季迁徙到长白山后，它们很快就由集群状态分散开，以家族和雌雄配对的方式活动，家族和家族之间通常会保持一定的距离。亚成体和没参与繁殖的个体会选择水流相对平缓的河段栖息，而已经成功配对的成体则会选择距离他们的巢位不远的河段活动，通常岸边有很多粗壮的老龄阔叶树。它们很少鸣叫，不像绿头鸭和斑嘴鸭那样喧闹。它们的身体具有更好的流线型结构，因此飞行速度要比其他鸭科动物迅速。

成对或以家庭为群。潜水捕食鱼类。性机警，稍有惊动就昂首缩颈不动，随即起飞或急剧游至隐蔽处。常成3-5只小群活动，有时和鸳鸯混在一起。觅食多在缓流深水处，潜水前上胸离开水面，再侧头向下钻入水中，白天活动时间较长，捕到鱼后先衔出水面而行吞食。主食鱼类、石蚕科的蛾及甲虫等。

中华秋沙鸭在树上营巢，把巢建在粗壮的活体阔叶树的树洞里，树洞距离地面一般都超过10米。中华秋沙鸭的雏鸟在刚刚孵化出来的一两天之内，要从树洞里跳出来，然后快速进到水中，所以通常中华秋沙鸭选择距离水体较近的树营巢。对于中华秋沙鸭来说，水里要比陆地安全得多。

中华秋沙鸭以往在中国广有越冬记录，但分布点零散，且多为小群或零星个体，很少在同一地见到10只以上的个体记录。1989-1990年冬季水鸟调查共记录28只，其中江苏盐城6只、高宝湖17只、洞庭湖4只、丹东1只；1990-1991年共记录20只，其中兰州4只、江苏滩涂12只、洞庭湖4只，可见在越冬地数量十分稀少。

中华秋沙鸭是第三纪冰川期后残存下来的物种，距今已有一千多万年，是中国特产稀有鸟类，属国家一级重点保护动物。数量极其稀少，中华秋沙鸭属于比扬子鳄还稀少的国际濒危动物。

列入中国《国家重点保护野生动物名录》（2021年2月5日）一级。

2022年8月，青海省林草局在全省鸟类保护管理新闻发布会上公布，国家一级重点保护野生动物中华秋沙鸭为青海有记录但无影像记录的稀有罕见鸟种。