尼泊尔鼠耳蝠体较较小，前臂长34-36.9mm。耳壳内侧边缘呈弧形，外侧基部1/4处有明显缺刻，缺刻下具凸起叶，几乎与缺刻成直角。耳屏狭长柳叶形，约超过耳长之半，耳屏基部有一个明显凹口（缺刻），其下方有一个三角形小凸叶。胫骨长14mm左右，约为后足长之2倍。距较细而短，尾末端稍伸出股间膜后缘。头骨吻部微向上翘，颅基长12.5-13.0mm；颧弓纤细，不向外侧扩展；无矢状嵴和人字嵴。背毛毛基黑褐色或近黑色，毛端淡棕色或白棕色。腹面毛基黑褐色，毛端白色或砂白色。耳壳、翼膜、股间膜和足趾均为褐色或黑褐色。

过去作为须鼠耳蝠的一个亚种<M. mystacinus kukunoriensis>（谭邦杰，1992；张荣祖，1997；王应祥，2003）。中科院西北高原研究所（1989）根据青海标本的耳郭、头骨及牙齿结构等特征与须鼠耳蝠差别较大而修正为独立的种——青海鼠耳蝠<Myotis kukunoriensis>。而Simmons（2005）则将其并入尼泊尔鼠耳蝠（<M. nipalensis>）。

体较较小，前臂长34-36.9mm。耳壳内侧边缘呈弧形，外侧基部1/4处有明显缺刻，缺刻下具凸起叶，几乎与缺刻成直角。耳屏狭长柳叶形，约超过耳长之半，耳屏基部有一个明显凹口（缺刻），其下方有一个三角形小凸叶。胫骨长14mm左右，约为后足长之2倍。距较细而短，尾末端稍伸出股间膜后缘。头骨吻部微向上翘，颅基长12.5-13.0mm；颧弓纤细，不向外侧扩展；无矢状嵴和人字嵴。背毛毛基黑褐色或近黑色，毛端淡棕色或白棕色。腹面毛基黑褐色，毛端白色或砂白色。耳壳、翼膜、股间膜和足趾均为褐色或黑褐色。

国内分布于青海、甘肃、新疆、西藏（蒋志刚，2015）。刘奇等（2014）在湖北十堰及江苏宜兴发现有该物种分布。